Ανάμεσα στις συλλογές του αποθετηρίου "Πανδέκτης", οι επισκέπτες θα συναντήσουν το χαρτογραφικό υλικό της συλλογής "Τεκμήρια Ελληνικής Χαρτογραφίας" που αναπτύχθηκε από το Ινστιτούτο Ιστορικών Eρευνών - Τμήμα Νεοελληνικών Ερευνών του Εθνικού Ιδρύματος Ερευνών (ΕΙΕ).

Χάρτες που σχεδιάστηκαν από τον 15^ο αιώνα ως τον 19^ο αιώνα, χειρόγραφοι ναυτικοί χάρτες  πορτολάνοι (χάρτες που απεικονίζουν τα λιμάνια και τις ακτές), άτλαντες και νησολόγια παρουσιάζονται μέσα από τη συλλογή του Ινστιτούτου και διατίθενται ανοικτά στο κοινό του διαδικτύου. Τα έργα αυτά είναι άλλοτε αυτοτελή και άλλοτε ένθετα σε γεωγραφικές, ιστορικές ή θρησκευτικές εκδόσεις. Οι 400 εικόνες που φιλοξενούνται παρατίθενται σε χαμηλή ανάλυση, όταν υπάρχουν περιορισμοί πνευματικών δικαιωμάτων, και σε υψηλή ανάλυση όταν πρόκειται για έργα για τα οποία δεν χρειάζεται άδεια δημοσίευσης ή έχει ζητηθεί σχετική άδεια. Το υλικό που συγκεντρώθηκε και τεκμηριώθηκε, στο πλαίσιο του ερευνητικού προγράμματος "Γεωγραφική παιδεία και ιστορία της Χαρτογραφίας", έχει ήδη αποτελέσει αντικείμενο δημοσιεύσεων και μια χρήσιμη πηγή για τους ερευνητές. Ανάμεσα στους χειρόγραφους χάρτες που θα βρεί κανείς περιλαμβάνονται και οι ακόλουθοι: 

Χειρόγραφος Ναυτικός Χάρτης "Παγκόσμιος Χάρτης ή Άτλαντας" του Antonio Millo: Σύμφωνα με την περιγραφή του Καταλόγου Christie's, σώζονται τέσσερα φύλλα από ένα σύνολο έξι φύλλων, τα οποία θα συνέθεταν έναν θεαματικό επιτοίχιο χάρτη 3.300 x 1.200 χιλ. Τα τέσσερα σωζόμενα φύλλα περιλαμβάνουν: α) μέρος της νοτίου Αμερικής, β) την Ευρώπη και την βόρειο Αφρική, γ) τη Μέση Ανατολή και δ) την Ασία. Λείπουν τα φύλλα της Βορείου Αμερικής και της Αφρικής.

La Isola de Candia, dicto Calapoda cretensis fecit nel anno Domini 1562: Ο μεγάλος αυτός χάρτης της Κρήτης είναι ο πρώτος από τους τρεις χάρτες του νησιού που κατασκεύασε ο Σιδέρης (Georgio Sideri). Και στους τρεις χάρτες συνδυάζονται η τοπογραφική και η υδρογραφική αποτύπωση και παραπέμπουν εξίσου στους χάρτες του νησιού που σχεδίαζε ο Agnese, όσο και στις τοπογραφικές χαρτογραφήσεις του νησιού. Πράγματι, οι επιδράσεις, στην τεχνοτροπία τουλάχιστον, των μεγάλων χαρτών της Κρήτης όπως εμφανίζονται στα χειρόγραφα νησολόγια του Buondelmonti από τα τέλη του 15ου αιώνα και μετά, είναι εμφανείς. 

Στο αποθετήριο Πανδέκτης που αναπτύσσεται από το Εθνικό Κέντρο Τεκμηρίωσης, μπορεί κανείς να ανακαλύψει μια ποικιλία από ψηφιακές πολιτιστικές συλλογές που έχουν αναπτυχθεί από τα Ινστιτούτα του ΕΙΕ και είναι ελευθερά προσβάσιμες απο όλους τους χρήστες του διαδικτύου.