Πρόκειται για ψηφιακές βάσεις δεδομένων στο διαδίκτυο που παρέχουν ελεύθερη και χωρίς περιορισμό πρόσβαση σε επιστημονικό και ερευνητικό υλικό (πλήρη κείμενα και μεταδεδομένα). Υπάρχουν δυο τύποι αποθετηρίων: τα θεματικά αποθετήρια με ψηφιακό υλικό που καλύπτει ένα συγκεκριμένο επιστημονικό κλάδο (π.χ. το αποθετήριο "ΠΑΝΔΕΚΤΗΣ") και τα ιδρυματικά αποθετήρια, που συνήθως υλοποιούνται και υποστηρίζονται από κάποιο ακαδημαϊκό οργανισμό ή ερευνητικό φορέα (π.χ. το αποθετήριο του Εθνικού Ιδρύματος Ερευνών  "ΗΛΙΟΣ"). Τα ηλεκτρονικά αποθετήρια ανοικτής πρόσβασης έχουν τις ρίζες τους σε πρωτοβουλίες που σχετίζονται με την ελεύθερη διάθεση αρχείων και περιεχομένου όπως το Open Archives Initiative και το ‘Self-archiving Initiative '.