Τα ψηφιακά τεκμήρια είναι οργανωμένα σε θεματικά πεδία, βάσει κριτηρίων ή κατηγοριοποιημένα ανάλογα με τις επιθυμίες του φορέα.

Η αναζήτηση στο περιεχόμενο γίνεται μέσω της απλής ή της σύνθετης αναζήτησης. Η σύνθετη αναζήτηση γίνεται με ποικίλα κριτήρια, τα οποία μπορεί να καθορίσει ο φορέας κατά το σχεδιασμό του Αποθετηρίου.

Η πλοήγηση στο περιεχόμενο γίνεται μέσω των πεδίων και των διόδων πλοήγησης, τα οποία παρουσιάζονται στην αρχική σελίδα του αποθετηρίου. Από το μενού της πλοήγησης, ο επισκέπτης επιλέγει να πλοηγηθεί στα πεδία με βάση διάφορα κριτήρια, όπως Τίτλος, Συγγραφέας, Τύπος, Θέμα, κοκ.

Ορισμένα από τα κριτήρια αυτά οπτικοποιούνται και εμφανίζονται στον χρήστη με έναν πιο διαδραστικό τρόπο, αποτελώντας τις λεγόμενες διόδους πλοήγησης. Πρόκειται για πεδία πλοήγησης, όπως τα παραπάνω, τα οποία, όμως, παρουσιάζονται με ιδιαίτερο τρόπο, σαφώς διαφοροποιημένο και με ξεχωριστή έμφαση, στο κύριο σώμα της αρχικής σελίδας του αποθετηρίου. Αποτελούν κεντρικές διόδους πρόσβασης στο περιεχόμενο του Αποθετηρίου και στοχεύουν στην προβολή των σημαντικών στοιχείων και των ιδιαίτερων χαρακτηριστικών του.  Για παράδειγμα, γεωχωρικά δεδομένα μπορεί να εμφανιστούν πάνω σε χάρτη, χρονολογικά δεδομένα μπορεί να παρουσιαστούν με ένα χρονολόγιο και θεματικές κατηγορίες παρουσιάζονται αποτελεσματικά με tag clouds (οπτικοποιημένο νέφος ετικετών που αντιπροσωπεύουν πυκνότητα περιεχομένου).