Το Αποθετήριο αποτελεί μέρος του Παρατηρητηρίου της Προσφυγικής και Μεταναστευτικής Κρίσης. Βασικός του σκοπός είναι η συλλογή, κατηγοριοποίηση,  οργάνωση, διατήρηση, ψηφιοποίηση και ανάδειξη ποικίλων κατηγοριών τεκμηρίων που αναφέρονται στην προσφυγική και μεταναστευτική κρίση στον χώρο του Αιγαίου Πελάγους καθώς και η καταγραφή και προβολή συναφών επιστημονικών μελετών από μέλη της ελληνικής και διεθνούς ακαδημαϊκής κοινότητας. Στα τεκμήρια που διατηρούνται στο Αποθετήριο περιλαμβάνονται μαρτυρίες, ημερολόγια, αδημοσίευτες ή δημοσιευμένες στατιστικές καταγραφές, θεσμικές ρυθμίσεις, δημοσιεύματα στον Tύπο, φωτογραφίες και βίντεο. Το Αποθετήριο υποστηρίζεται από το Εθνικό Κέντρο Τεκμηρίωσης, το Πανεπιστήμιο Αιγαίου και το Wenner-Gren Foundation for Anthropological Research.